La Educación Básica es el segundo nivel de la educación formal. En este nivel, se desarrolla una formación integral para los y las estudiantes, abordando las dimensiones física, afectiva, cognitiva, social, cultural, espiritual y moral.
Según la Ley General de Educación -que rige el sistema educacional chileno- durante la Educación Básica los y las estudiantes deben, entre otros aprendizajes, desarrollar una autoestima positiva y conciencia de sí mismo, aprender a trabajar individualmente y en equipo, desarrollar su responsabilidad y tolerancia a la frustración, pensar en forma reflexiva y desarrollar su creatividad.
Para hacer un poco de historia el año 1993, siendo Directora Sor Josefa Mendoza Roco, se fusionan la Escuela Julia Mancilla de enseñanza básica y el Instituto Comercial Santa Marta de enseñanza media, surgiendo el actual establecimiento, como lo conocemos hoy, con el nombre de Instituto Santa Marta, en régimen particular subvencionado.
El segundo ciclo comprende desde 5to año hasta 8vo año básico y está conformado por dos cursos por nivel, de máximo 45 niñas, en jornada escolar completa. Contando con salas completamente equipadas con pizarra digital y acrílica, pupitres acordes a la edad de las estudiantes y lockers para que las estudiantes guarden sus pertenencias.
Además, el establecimiento cuenta con laboratorio de informática exclusivo para enseñanza básica, carros de computadores que pueden ser trasladados a sus salas, laboratorios de inglés y de ciencias. Además, de salas exclusivas para la enseñanza de las asignaturas de música y artes visuales.